Doceniając wielką misję Papieża Polaka, 16 października 2003 r. „w uznaniu nieocenionych zasług dla Polski i świata” nadano Ojcu Świętemu Janowi Pawłowi II tytuł Honorowego Obywatela Miasta Grudziądza. W maju 2004 r. delegacja Grudziądza wręczyła Janowi Pawłowi II akt nadania honorowego obywatelstwa. 4 lata później na mocy uchwały Rady Miejskiej Grudziądza z 28 marca 2007 r. grudziądzkie III LO otrzymało imię Jana Pawła II.
W ramach upamiętnienia setnej rocznicy urodzin na grudziądzkim Rynku oraz Urzędzie Miejskim zawieszone zostały papieskie flagi.